石菖蒲和水菖蒲都有药用价值，且都具备一定的观赏性，现种植较为广泛。石菖蒲和水菖蒲存在一定的区别，它们的植株是不同的，石菖蒲的植株看起来更细软，它主要生长在阴湿的环境中。水菖蒲看起来壮一些，喜温暖环境。
1、叶子区别
石菖蒲的叶子为线形，叶片很薄，长度约20-30cm左右，有时可达到50cm，叶色为暗绿色，叶子无中肋。水菖蒲的叶子更长一些，有90-150cm左右，形状为剑状的线形，叶子为绿色，表面光亮，叶子上有很明显的中肋。
2、根茎区别
石菖蒲的根茎是肉质根，相对较细，根茎散发着淡淡的芳香，颜色为淡褐色，根茎节间的长度通常为3-5mm。水菖蒲的根茎也是肉质根，不过它的根稍微粗一点，根是横着的，同样有芳香，颜色为黄褐色，须根为毛发状。
3、习性区别
石菖蒲喜欢在半阴环境下生长，它的耐阴性强一些，不耐强光，且喜欢湿润的环境，干燥的环境不利于生长，稍耐寒。水菖蒲也喜欢湿润的环境，它不耐寒，适宜生长的温度是20-25℃左右。